FKIP Unida secara resmi mengelola 2 jurnal, yaitu Jurnal Didaktika Tauhidi yang fokus dalam bidang Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD) dan Jurnal Tadbir Muwahhid yang fokus dalam bidang Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Kedua jurnal secara khusus dikelola oleh Tim Pengelola Jurnal FKIP Unida.